Announcements

January 18, 2018

Guest at IZBI: Arsen Arakelyan

Arsen Arakelyan from IMB Yerevan visits IZBI from 22 to 25 of January 2018.
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April 6, 2018

R courses for bioinformatics in Armenia

Dr. Henry Loffler-Wirth, Junior Group Leader at the Interdisciplinary Centre for Bioinformatics, and Ms. Edith Willscher, PhD Student, will visit the Institute of Molecular Biology Yerevan, Armenia, from april 23rd to may 2nd. During this research stay, they will deliver two courses about scientific programming in R (one beginner's course and one for advanced bioinformatics programming):

"R for bioinformatics - a beginner's guide"

Workshop dates: 24 September- 26 September 2018 The course objective is to introduce R computing language to students and scientists interested in data analysis and bioinformatics. Course covers basics of R data types, syntax and main/popular biological data analysis packages. Link: http://molbiol.sci.am/rforbio811

"Scientific programming in R"

Workshop dates: 27 September- 28 September 2018 The course objective is to introduce participants with advanced statistical and machine learning techniques and approaches used in analysis of big biological data. Link: http://molbiol.sci.am/rproginr811 The courses will be held in English. Participation is free of charge. Upon completing the course all participants will receive certificates of participation. The workshop is conducted with support of the joint project "Cartography of pathogenic pathway states" of the State Committee of Sciences MES RA (16GE-025) and German Federal Ministry of Education and Science (BMBF) WTZ ARM II-010.
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May 7, 2018

Artikel in Nature Systems Biology and Applications: Versteckte Mechanismen der Zellregulation erkennen

Mathematische Biowissenschaften:  Versteckte Mechanismen der Zellregulation erkennen Die moderne Systemmedizin zielt darauf ab, das Verhalten von Zellen unter verschiedenen Behandlungsszenarien vorhersagbar zu machen. Klassische Modelle der Zellregulation sind meist der Beschreibung chemischer Reaktionen entlehnt und erscheinen im biologischen Kontext bisweilen stark vereinfacht. Oft beschreiben sie experimentelle Daten zu komplexen zellulären Prozessen nur ungenügend und verschiedene Ansätze liefern mitunter diametrale Ergebnisse. Dies lässt auf ungeeignete Grundannahmen der Modelle schließen. Martin Hoffmann vom Fraunhofer Institut für Toxikologie und Experimentelle Medizin (ITEM) in Regensburg und Jörg Galle vom Interdisziplinären Zentrum für Bioinformatik (IZBI) in Leipzig beschränkten sich nicht auf die klassischen Modelle. In einer jetzt in Nature Systems Biology and Applications veröffentlichten Studie analysierten sie verschiedene Protein- und Genexpressionsdaten mithilfe allgemeiner mathematischer Funktionen. Parallel dazu bewerteten sie die genutzten Daten hinsichtlich ihrer Eignung, die freien Parameter der verwendeten Funktionen zu bestimmen, d.h. sie an konkrete Bedingungen anzupassen. Diese Fähigkeit ist für die Eindeutigkeit und Vorhersagekraft des resultierenden Modells wichtig. Der Vergleich ergab, dass eine zeitlich fortlaufende Beobachtung von Einzelzellen (sog. `single cell tracking´) am effektivsten für die Parameteridentifikation ist. Generell mussten die beiden Wissenschaftler jedoch feststellen, dass selbst bei sehr geringer Fehlertoleranz überraschend viele verschiedene, oft nicht-klassische Zellregulationsmodelle mit den Daten gut übereinstimmten. Vielfach beschrieben nicht-klassische Modelle die Daten sogar besser als klassische Ansätze. Auf Grundlage dieser Ergebnisse muss davon ausgegangen werden, dass die Mechanismen der Zellregulation vielfältiger sind als bisher angenommen. Die Autoren zeigen mithilfe virtueller Behandlungsszenarien, dass die genaue Kenntnis der aktiven Mechanismen grundlegend für die korrekte Einschätzung von Therapieeffekten ist. Als Quintessenz ihrer Studie schlagen sie daher vor, zur Identifikation von Zellregulationsmechanismen stets sehr allgemeine mathematische Funktionen einzusetzen. Nur eine solche unvoreingenommene Vorgehensweise stellt sicher, dass vom klassischen Verhalten abweichende Regulationsmechanismen überhaupt erkannt werden können. Artikel Ansprechpartner: Martin Hoffmann: Fraunhofer Institut für Toxikologie und Experimentelle Medizin, Regensburg E-Mail: martin.hoffmann@item.fraunhofer.de Jörg Galle: Interdisziplinäres Zentrum für Bioinformatik, Leipzig E-Mail: galle@izbi.uni-leipzig.de Reference: Hoffmann M and Galle J. Stochastic system identification without an a priori chosen kinetic model—exploring feasible cell regulation with piecewise linear functions. Nature Systems Biology and Applications. 2018, 4:15; doi:10.1038/s41540-018-0049-0
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August 7, 2018

Workshop ‚Single cell RNA-bio and organoids‘

The workshop ‚Single cell RNA-bio and organoids‘ will take place in Kiev, September 28th 2018
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March 26, 2019

3.-4.07.2019: Genome Bioinformatics for Health – Workshop in Yerevan, Armenia

Conference link for registration: http://big.sci.am/newsevents/genome-bioinformatics-health-2019/

Bioinformatics and genomics have proven their ability to change the paradigm in biomedical research and discovery of innovative diagnostics and medicine. With the launch of the Armenian Genome Project, these multidisciplinary scientific fields will become the main drivers of the development of basic and applied biomedical research and establishment of precision medicine in Armenia.

This is the second workshop, organized as part of the joint projects “PathwayMaps” and “oBIG: Partner Initiative in Bioinformatics, Systems Medicine and Health” between the Interdisciplinary Centre for Bioinformatics of Leipzig University and the Bioinformatics Group of Molecular Biology NAS RA. The workshop is partially funded by the German Ministry for Education and Science and RA Committee of Sciences grant to the Russian-Armenian University.

 

Main topics:

  • Molecular mechanisms of diseases: genetics, epigenetics and transcriptomics
  • Personalized diagnostics
  • Bioinformatics for next-generation analytics
  • Single cell bioinformatics
  • Population and ancestry human genetics
  • Omics and phenotype data mining
  • Machine learning, big data handling and visualization
  • Biological text mining
  • Quantum computing for bioinformatics

Who can attend the workshop:

Students and researchers with a background in Biology, Bioinformatics, Biomedicine and/or Mathematics, Statistics and Computing who are interested in the field are welcome to attend (please find the registration link below).

 
 

Organizing committee:

Arsen Arakelyan (Chair)
Hans Binder (Chair)
Henry Loffler-Wirth
Roksana Zakharyan
Maria Nikoghosyan
Siras Hakobyan

Organizers:

Institute of Molecular Biology NAS RA

Interdisciplinary Center for Bioinformatics
University of Leipzig

Russian-Armenian University

 

 
 
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June 11, 2019

The working group “Omics bioinformatics” takes part in the Workshop “Genome bioinformatics for health and systems biology”

The working group of PD Dr. Binder "Omics bioinformatics for health and systems biology" takes part in the Yerevan Workshop "Genome bioinformatics for health and systems biology" from 3th to 5th July 2019 in Yerevan, Armenia. This is the follow-up  of our 1st Workshop in June 2018 at Großbothen, Wilhelm-Ostwald-Park. http://big.sci.am/newsevents/genome-bioinformatics-health-2019/  
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July 15, 2019

Guests at IZBI: Maria Nikoghosyan and Siras Hakobyan from IMB, Yerevan

We welcome two guest researchers at IZBI:

Maria Nikoghosyan and Siras Hakobyan. They both are from the Bioinformatics Group of the Institute of Molecular Biology, National Academy of Sciences, Republic of Armenia. At IZBI, they work on on population genomics of diseases and pathway bioinformatics. Their stay is funded by a scholarship of the DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst).   http://big.sci.am/people/siras-hakobyan/   http://big.sci.am/people/maria-nikoghosyan/  
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